CE94 距离ZAFT和地球联邦军的最后大战已然过去了20年，除了战争的当事人外，几乎所有人都已然忘却战争带来的伤痛，曾被誉为最强机体的强袭自由，如今也仅仅只是在博物馆中被人观看。随着新技术基因完全激发装置（伪SEED，有强大的后遗症，只是目前没有人知道）与新能源名为HOLOs的类似于瓦斯的高能能源被创造，世界被一股混沌的气息所笼罩，而我们的故事，就从CE94 6/22 在离木星卫星轨道上的卫星城新尤利乌斯7上的HOLOs高达强夺事件10天后开始。